Несмотря на серьезные недостатки в практической деятельности Главного общества, оно получало поддержку правительства. Его акционерами были члены императорской фамилии, а в Совете управления заседали будущий министр финансов А. А. Абаза , сенаторы А. Л. Левшин , С. В. Данзас , управляющий Государственным банком А. Л. Штиглиц , граф П. А. Шувалов и другие высокопоставленные лица. В печати появлялись многочисленные выступления с критикой руководителей общества. В 1860 г. правительство отдало цензуре распоряжение не пропускать статьи, содержащие критические замечания в адрес компании. К середине 1858 г., еще, по существу, ничего не построив, Главное общество израсходовало 75 млн. руб. Чтобы продолжать строительство, оно выпустило дополнительно на 35 млн. руб. облигаций. Ссылаясь на трудности строительства железных дорог в России, Главное общество в 1860 г. предъявило правительству требование: среднюю поверстную стоимость увеличить для Петербурго-Варшавской дороги до 90 тыс. руб., а для Московско-Феодосийской и Орловско-Либавской до 80 тыс. руб., уступить ему главную железную дорогу страны - Николаевскую. В противном случае оно готово было отказаться от строительства Московско-Феодосийской и Орловско-Либавской дорог, т. е. от большей части запланированной сети .
Повышение поверстных ставок значительно увеличило бы сумму капитала, с которого гарантировался пятипроцентный доход. Сторонники Главного общества высказывались за удовлетворение указанных требований. Они заявляли, что "в случае решения этого вопроса отрицательно Россия на долгое время, и может быть на десятки лет, будет лишена этих важнейших путей сообщения".
В ответ на подобные заявления П. П. Мельников , бывший в то время членом реорганизованного железнодорожного комитета , указывал, что если Главное общество будет лишено права сооружать упомянутые две линии, то это будет не бедой, а самым счастливым исходом для страны .
Под давлением общественности требования компании были отклонены. Согласно новому Положению, высочайше утвержденному 3 ноября 1861 г.,
Главное общество обязывалось завершить строительство только Петербурго-Варшавской и Нижегородской линий . От сооружения двух других оно освобождалось. В соответствии с Положением Парижский комитет общества прекратил существование, а Совет управления был реорганизован. От дел общества отстранили многих иностранных специалистов. Правительству пришлось выдать Главному обществу 28 млн. руб. для завершения оставшихся в его ведении линий. Оно продолжало существовать в основном благодаря государственным ссудам. Эта реорганизация не нанесла ущерба иностранным учредителям: к указанному времени они полностью завершили свои финансовые комбинации по перепродаже акций и, получив громадную прибыль, отказались от всякого участия в строительстве русских железных дорог.
Правительству пришлось еще долгие годы искусственно поддерживать Главное общество, выдавать ему крупные денежные суммы. К 1863 г. долг компании составил 135 млн. руб., из них 92 млн. руб.- правительству. Против общества были начаты многочисленные судебные процессы. Подрядчикам и поставщикам оно задолжало свыше 1 млн. руб. Курс его акций понизился на 10%. Дороги Петербург-Варшава и Москва-Нижний Новгород общей протяженностью немногим больше 1700 км начали действовать только во второй половине 1862 г. Они имели двухпутное земляное полотно и однопутное верхнее строение. Стоимость строительства Петербурго- Варшавской линии достигла 100 тыс. руб. на километр, Нижегородской - почти 90 тыс. руб., что оказалось значительно выше договорной. При этом Главное общество израсходовало только на содержание администрации 32 млн. руб. Такой суммы хватило бы на то, чтобы соорудить 537-километровую Московско-Курскую дорогу, включая и расходы на содержание руководящего аппарата.

Via